تزوج القرضاوي من امرأتين، الأولى مصرية اسمها إسعاد عبد الجواد "أم محمد" في ديسمبر 1958، وأنجب منها أربع بنات، وثلاثة أولاد (إلهام وسهام وعلا وأسماء) (محمد وعبد الرحمن وأسامة)، والثانية مغربية اسمها عائشة، التقى بها في أواسط الثمانينيات حين كانت طالبة في جامعة جزائرية، عملت كمنتجة تلفزيونية في برنامج "للنساء فقط".

موقفه من الختان

أصدر يوسف القرضاوي فتوى خاصة بختان الإناث في مارس 2009 استند فيها إلى ما أثبتته الدراسات العلمية المختلفة التي قام بها أهل الاختصاص الموثوق في علمهم وإيمانهم وأخلاقهم حسب رأيه، من أن عادة ختان الإناث ليس وراءها أي فريضة ترجى، بل إنه يُخشى من ورائها إلحاق الأذى والضرر بالإناث في حاضرهن وفي مستقبلهن.
وأضاف القرضاوي في فتواه أن شكاوى النساء اللاتي تعرضن للختان كثرت، وأنهن يشكون الأثر السلبي لتلك العادة في حياتهن الزوجية.
وخلص القرضاوي إلى القول: "ولذلك أنضم إلى الذين يقولون بأنه ليس هناك أي مبرر لاستمرار هذه العادة ولا يوجد عندنا من أدّلة في الإسلام: من القرآن ولا من السنة ولا من الإجماع ولا من القياس ولا من المصلحة، لا يوجد عندنا أي دليل يدعونا إلى أن نتمسك بهذه العادة، بل كل الأدلة الشرعية والواقعية تنادينا أن نمنع هذا الأمر... ولهذا أُفتي بمنع هذه العادة حرصا على سلامة المرأة المسلمة والفتاة المسلمة، والطفلة المسلمة، وحمايتها من أي أذى".
وفي آذار من العام 2009، أصدر القرضاوي فتوى تحرم ختان النساء واعتبارها ضد تعاليم الدين الإسلامي.